Najważniejsza kwestia rządząca perspektywami handlu elektronicznego jest ich bezpieczeństwo. Firmy handlujące w internecie przekonują się często, że klienci, którzy dają swoje karty kelnerom lub przekazują dane z karty przez telefon, boją się wpisać je w zabezpieczonym SSL serwisie WWW. Ich obawy są zrozumiałe ale nie do końca uzasadnione. Mimo iż w mediach dużo się mówi o przypadkach wykorzystania luk w systemach bezpieczeństwa na stronach to Internet jest jednym z bezpieczniejszych miejsc handlu na całym świecie.
Skuteczne technologie zabezpieczeń są powszechnie dostępne niemal dla każdego kto ich szuka. Klient otrzymuje dużą elastyczność pozwalającą na wdrożenie strategii optymalizującej bezpieczeństwo i przepływ informacji w transakcjach biznesowych. Pierwszą barierę stanowią zapory ogniowe tzw. firewall - tworzą sztuczną warstwę między serwerami transakcji, a światem zewnętrznym. Dane docierające do zapory firewall w firmie, które nie odpowiadają wstępnie określonym charakterystykom, są odrzucane i blokowane. Największym problemem firm prowadzących handel elektroniczny jest związany z bezpieczeństwem danych klienta i transakcji. Firma odpowiada za uniemożliwienie dostępu osób niepowołanych, gdy klienci są w trybie online. Identycznie jak w kwestiach związanych z bezpieczeństwem w Internecie, wyzwaniem jest odpowiednie dopasowanie panelu między łatwością korzystania z serwisu, a eliminacją hakerów próbujących dokonać włamań.
Większość serwisów zajmujących sie handlem elektronicznym korzysta z ochrony poprzez hasło, co jest wystarczającym sposobem, by klient mógł uzyskać dostęp do wszelkich informacji związanych z jego kontem. Następnie kiedy klient przechodzi od przeglądania oferty do stron zakończenia transakcji, jego przeglądarka powinna poinformować o przełączeniu do obszaru bezpiecznego (chronionego przez SSL). Komunikat ten powinien być uzupełniany pojawieniem się na pasku stanu u dołu przeglądarki symbolu zamkniętej kłódki co wskazuję na bezpieczne połączenie szyfrowane.